Fakultas Agama Islam merupakan salah satu fakultas pertama yang mengawali berdirinya Universitas Muhammadiyah Palangkaraya. Gagasan untuk mendirikan Universitas Muhammadiyah Palangkaraya berawal dari hasil Muktamar Muhammadiyah ke 41 di Surakarta, yang ditindaklanjuti oleh Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Kalimantan Tengah dengan membentuk panitia pendirian UM Palangkaraya melalui surat keputusan No. A-2/18/SK-PWM/1986 tanggal 28 Agustus 1986. Berdasarkan keputusan itu berdirilah Fakultas Syariah pada 15 Juli 1987 dengan Program Studi pertamanya yaitu Peradilan Agama yang kemudian menjadi Hukum Keluarga (Ahwal Al-Syakhsyiyah). Pada perkembangannya Fakultas Syariah berubah menjadi Fakultas Agama Islam bersamaan dengan terbitnya izin pembukaan program studi Pendidikan Agama Islam pada 27 Oktober 2008. Selanjutnya pada tahun 2014 berdirilah program studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) sehinggat saat ini Fakultas Agama Islam mempunyai tiga (3) program studi.

Fakultas Agama Islam hadir sebagai salah satu bentuk peran serta dalam upaya pembangunan nasional dan mencerdaskan kehidupan bangsa khususnya dibidang Pendidikan. Keberadaan institusi perguruan tinggi ini diharapkan mengambil andil dalam membantu mencerdaskan kehidupan bangsa dan terwujudnya manusia seutuhnya yang bersusila, taat kepada Allah SWT berdasarkan Pancasila dan Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia tahun 1945. Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Palangkaraya untuk mencapai tujuan ini adalah dengan berusaha melahirkan peserta didik menjadi anggota masyarakat yang memiliki kemampuan akademik professional yang diharapkan mampu menerapkan dan menyebarluaskan ilmu pengetahuan, teknologi dan seni guna meningkatkan taraf hidup masyarakat disamping memperkaya khasanah budaya nasional.